Algumas das críticas mais duras que Darwin recebeu foram na área da hereditariedade. Naquele tempo, não se conhecia o conceito de gene nem se sabia como a hereditariedade operava. As teorias sobre hereditariedade que dominavam no tempo de Darwin não admitiam a possibilidade de ocorrência de variações na natureza, uma condição essencial da sua teoria. A genética estabeleceu-se como ciência no início do século 20, 40 anos depois da publicação da On Origen of Species de Darwin. Quando os cientistas começaram a compreender as leis da herança, o problema da hereditariedade associado à teoria de Darwin desapareceu.
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