Darwin previu que o registo fóssil forneceria elos intermédios entre os grandes grupos de organismos; por exemplo entre peixes e anfíbios e entre répteis e aves. Hoje conhecemos o registo fóssil a um nível que era impensável no século dezanove. Descobertas recentes de fósseis microscópicos estenderam a história da vida conhecida até 3500 milhões de anos atrás. A descoberta de outros fósseis deram suporte às previsões de Darwin e incidiram luz no compreensão de como os organismos evoluiriam, ao longo desta imensidade de tempo, de formas simples para formas complexas. Para os animais vertebrados em especial, o registo fóssil é rico e apresenta uma série gradual de alterações de formas, com o processo evolucionário à vista de qualquer um.
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